У білку, ймовірно, містяться гідрофобні амінокислоти в інтер'єрі, тоді як гідрофільні амінокислоти, швидше за все, контактують з водним середовищем.

Переважно присутні гідрофобні амінокислоти всередині білка (Tanford 1962), оскільки ця конформація стабілізує білок у водному розчині.

Гідрофобні амінокислоти – це амінокислоти з бічними ланцюгами, які не люблять перебувати у водному (тобто водному) середовищі. З цієї причини зазвичай можна знайти ці амінокислоти похований у гідрофобному ядрі білка або в ліпідній частині мембрани.

Гідрофобні амінокислоти. Дев’ять амінокислот мають гідрофобні бічні ланцюги гліцин (Gly), аланін (Ala), валін (Val), лейцин (Leu), ізолейцин (Ile), пролін (Pro), фенілаланін (Phe), метіонін (Met) і триптофан (Trp). Праворуч показана структура валіну.

Гідрофобні амінокислоти Бічні ланцюги всередині ядра щільно упаковані та беруть участь у ван-дер-ваальсових взаємодіях, які необхідні для стабілізації структури.

Гідрофобні молекули — це молекули, які не мають заряду, тобто вони неполярні. Гідрофобні матеріали часто не розчиняються у воді або в будь-якому розчині, який містить переважно водне (водяне) середовище. Нафта, віск і стероїди — це приклади гідрофобних матеріалів і молекул.