Грант вступив з армією Лі в кровопролитні, але безрезультатні битви в Дикій місцевості та Спотсільванії перед тривалою облогою Петербурга, за якою у квітні 1865 р. взяття Річмонда і знищення більшої частини армії Лі, яку він нарешті передав Гранту в будівлі суду Аппоматтокса.

Але загальна стратегія Лі — його наполягання на фронтальному наступі — призвела до неминучої поразки. Незалежно від того, наскільки вправним бойовим лідером був Лі, він ніколи не міг виграти війну зіткнувши набагато слабші ресурси Півдня з величезною економічною та військовою силою Півночі.

Пояснення поразки Конфедерації в Громадянській війні можна розділити на дві категорії: деякі історики стверджують, що Конфедерація розвалилася в основному через соціальні розбіжності в південному суспільстві, тоді як інші підкреслюють військову поразку Союзу від армій Конфедерації.

Лі був спустошений. Він ніколи не міг дати відвертої оцінки власної ролі у війні — де він був неправий або міг вчинити інакше — тому що це було надто приголомшливо.

Джонсон надав загальну амністію для колишніх конфедератів, а звинувачення проти Лі було знято незабаром після цього. Як зазначає Рівз, він пережив прокурорів. Він помер вільною людиною. Через те, що він ніколи не стикався з судом, поведінку Лі залишили на розсуд істориків, а не суду присяжних.

Генерал Союзу Улісс С. Грант Округ Аппоматтокс, Вірджинія | 9 квітня 1865 р. Потрапив у пастку федералів біля будівлі суду Аппоматтокса, генерал Конфедерації Роберт Е. Лі здав свою армію генералу Союзу Улісс С. Грант, що прискорило капітуляцію інших сил Конфедерації та призвело до кінця найкривавішого конфлікту в американській історії.