Павуки, ймовірно, виникли приблизно 400 мільйонів років тому товстополі предки павукоподібних, які недовго виходили з життя у воді. Перші певні павуки, павукоподібні з тонкою талією, сегментованим черевцем і прядками, що виробляють шовк, відомі зі скам’янілостей, таких як Attercopus fimbriungus.

Еволюція павуків триває щонайменше 380 мільйонів років. Походження групи лежить в межах підгрупи павукоподібних, що визначається наявністю книжкових легенів (чотирилегеневі); павукоподібні в цілому еволюціонували з предки водних хеліцерів.

Наче динозаврів було недостатньо для боротьби у світі 165 мільйонів років тому, у юрський період Землею блукали й інші жахливі істоти: гігантські павуки. Насправді, дослідник Канзаського університету нещодавно ідентифікував найбільшого відомого скам’янілого павука, релікт середнього юрського періоду.

Вважається, що доісторичні павуки були трохи більшими за сучасного павука-птахоїда-голіафа.. Довжина знайденого павука становила 13,3 дюйма з розмахом ніг близько 20 дюймів.

Павуки як група сягають понад 300 мільйонів років тому. Chimerarachne мав спільного предка зі справжніми павуками і нагадує представника найпримітивнішої групи сучасних живих павуків, мезотелів, які сьогодні зустрічаються лише в Китаї, Японії та Південно-Східній Азії.

Еволюційна причина фобії залишається невирішеною. Одна точка зору, особливо дотримана в еволюційній психології, така наявність отруйних павуків призвела до еволюції страху перед павуками, або зробили набуття страху перед павуками особливо легким.