Відповідь: значення «Log2 fold change», яке повідомляється в Cell Ranger і в таблиці генів у Loupe Cell Browser, відношення нормалізованого середнього гена UMI в кожному кластері/групі відносно всіх інших кластерів/груп для порівняння.

якщо є двократне збільшення (кратна зміна=2, Log2FC=1) між A і B, тоді А вдвічі більша за В (або А становить 200% від В). Якщо між A і B спостерігається подвійне зменшення (зміна кратності = 0,5, Log2FC= -1), то A вдвічі менше за B (або B вдвічі більше за A, або A становить 50% від B).

Невеликі зміни кратності: порогове значення log2 (зміна кратності) 0,5 або 1 є часто використовується для фіксації відносно невеликих, але значущих змін у експресії генів. Цей поріг підходить для виявлення незначних змін виразу.

–log10 (значення p) представляє рівень значущості кожного гена, тоді як log2-кратна зміна представляє різницю між рівнями експресії для кожного гена між групами найнижчої регресії, спричиненої кастрацією, і групами стійкого до кастрації відростання.

Таким чином, ген, регуляція якого посилюється порівняно з контролем, матиме позитивне значення log2-кратної зміни, а ген, який знижується відносно контролю, матиме негативне значення log2-кратної зміни. зміна кратності = (група1 – група2)/хв(група1,група2).

Log2 використовується при нормалізації експресії генів, оскільки це допомагає в розрахунку зміни складки, який вимірює активну та знижену регуляцію генів між зразками. Виміряні дані Log2 також ближчі до біологічно виявлених змін.