Недоліки препарувального мікроскопа (стереомікроскопа) Як правило, мікроскоп коштує дорого. Вони мають низьку потужність збільшення, тому вони не можуть переглядати зображення з великим збільшенням, понад 100x, отже, їх не можна використовувати для перегляду тканинних структур та інших структур.

Є також головним чином два ефекти стереоскопії, які є неприродними для людського зору: (1) невідповідність між конвергенцією і акомодацією, спричинене різницею між сприйманим положенням об’єкта перед або за дисплеєм чи екраном і реальним джерелом цього світла; і (2) можливі перехресні перешкоди між …

Недоліки складених мікроскопів Обмежена роздільна здатність: Складені мікроскопи обмежені в здатності розрізняти дрібні деталі, особливо при більшому збільшенні. Підготовка зразків: багато зразків потребують спеціальної підготовки, перш ніж їх можна буде переглянути під складним мікроскопом.

Деякі недоліки світлового мікроскопа включають обмежену роздільну здатність, через що може бути важко спостерігати дуже дрібні деталі; обмежена глибина різкості, що може призвести до розмитості зображень тривимірних об'єктів; і необхідність фарбування або маркування зразків для посилення контрасту.

Які обмеження цифрових мікроскопів? Дуже очевидне обмеження цифрових мікроскопів, порівняно, наприклад, з стерео або складні мікроскопи, є потреба в підключенні живлення. Оскільки окулярів немає, зображення зразка для цифрових мікроскопів завжди виводиться на монітор.