Забруднення води є ще однією серйозною проблемою, що впливає на водну безпеку Африки. Системи водопостачання забруднюються різними способами, наприклад коли пластик, промислові відходи або неочищені стічні води потрапляють у водопровідні системи, добрива та пестициди змиваються у водні шляхи під час сильних дощів або через видобуток викопного палива.22 березня 2024 р

Промислові відходи промисловості скидаються в річки, спричиняючи забруднення води. Ерозія внаслідок вирубки лісів спричиняє вимивання рослинності та ґрунту та скидання їх у річки. Сільське господарство спричиняє забруднення, оскільки фермери використовують сільськогосподарські хімікати, які також забруднюють воду.

Основними причинами дефіциту води в Африці є фізичний та економічний дефіцит води, швидке зростання населення та вплив зміни клімату на кругообіг води. Дефіцит води – це відсутність ресурсів прісної води для задоволення стандартної потреби у воді.

Як правило, Південноафриканські водопровідні споруди здатні видалити майже всі хімікати, щоб вода була безпечною для пиття. Водоочисні споруди також знезаражують воду, знищуючи шкідливі бактерії та віруси. В першу чергу це робиться за допомогою хлору, але воду трохи перевищують.

Є два інноваційних основних рішення для фізичного дефіциту води в Африці опріснення та повторне використання води. Опріснення особливо ефективне для очищення води в прибережних районах і солонуватих свердловинах. Цей процес видаляє різноманітні забруднення, включаючи солі, поживні речовини та сліди металів.

Єгипет, Ботсвана, Габон, Маврикій і Туніс є п’ятіркою найбільш забезпечених водою країн Африки, але досягнутих лише скромних абсолютних рівнів водної безпеки. Сомалі, Чад і Нігер є найменш забезпеченими водою країнами Африки.